طبق اعلام نتایج نهایی ارزیابی عملکرد سال 1399 دستگاه های اجرایی، توسط سازمان اداری استخدامی کشور و سازمان مدیریت و برنامه ریزی استان ها، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان موفق گردید با کسب بیش از 90 درصد از امتیازات در مجموع حوزه های عمومی و اختصاصی، رتبه عالی در بین کلیه دانشگاه ها/ دانشکده های علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی را کسب نماید.
همچنین در ارزیابی عملکرد دستگاه ها درجشنواره شهید رجایی موفق به کسب عنوان دستگاه برتر در شاخص های عمومی گروه سلامت و رفاه اجتماعی در بین دستگاه های دولتی استان گردید.